1. 防止骨质疏松症：纳豆菌含有相当高的维生素K₂，可生成骨蛋白质，再与钙共同生成骨质，增加骨密度，防止骨折；

2. 溶栓作用：纳豆中含有大量能溶解血栓的纳豆激酶是一种溶纤维蛋白酶，可预防血栓类疾病的发生。经常食用纳豆可周期性增加血浆中溶纤活性，有效预防心脑血管栓塞。痔也是血栓的一种，故纳豆也可用以口服或外涂；

3. 预防高血压：纳豆中含有的醇素，食用后可排除体内部分胆固醇、分解体内酸化型脂质，使异常血压恢复正常；

4. 抑制癌细胞的生长：纳豆中含有染木素、胰蛋白酶抑制剂，是抗癌的主要成分。资料表明：纳豆的防癌抗癌功效已在动物实验中得到证实。纳豆中还含有抗氧化剂组分，可通过降低低密度脂蛋白胆固醇水平，有效减慢动脉粥样硬化进程；

5. 抗氧化、延缓衰老：纳豆的粗提物中含有丰富的卵磷脂、不饱和脂肪酸、维生素E等抗氧化成分，可有效降低血脂、胆固醇及清除脑组织细胞中过氧化质色素，调节皮肤细胞和皮肤表面水和脂肪的平衡，促进血液循环，改善皮肤弹性，令皮肤光洁柔软，达到延缓衰老之功效；

6. 防治肥胖症：纳豆中的粘液素具有很好的减肥效果。粘液素是由谷氨酸多肽以特别的结构组成，它具有与膳食纤维相似的作用，在人体肠道内不被吸收，吸水率比膳食纤维还高，与膳食纤维一起膨胀，使人体得到饱腹感，减少人体对脂肪的吸收，另外，纳豆中的维生素B₂支持体内脂肪燃烧，防止脂肪在体内堆积，达到减肥之效。